厦门大学在全国排名中相对靠后，主要可以归结为以下几个原因：
学科特点
厦门大学虽然是一所综合性大学，但其偏重文科，理工科相对较弱。在985工程高校中，偏文科的特点可能使其在综合排名中处于不利地位。
发展速度与规模
随着其他大学的发展速度加快，厦门大学的发展相对滞后，这可能导致其排名下降。
专业设置
厦门大学的优势专业主要集中在MBA等少数领域，其他专业可能相对冷门，这在综合排名中可能影响其位置。
硬指标
在ESI（基本科学指标数据库）、论文发表、科研经费等硬性指标上，厦门大学可能落后于其他一些综合性名校和专业类名校。
医学院搬迁
厦大医学院的搬迁可能影响了学校的整体排名，因为医学院在学校的综合实力中占有重要地位。
学校声誉
尽管厦门大学有一定的社会声誉，但排名机构可能更看重硬性指标而非学校的名气。
其他因素
厦门大学的录取分数线相对较低，这可能影响外界对其综合实力的评价。
综合以上因素，尽管厦门大学在某些学科领域具有较强的竞争力，但其在整体排名中相对靠后。不过，值得注意的是，学校的排名并非固定不变，可能会随着时间和各种因素的变化而有所调整。
建议：
加强理工科建设：厦门大学可以考虑加强理工科的建设，提升理工科在学校的综合实力中的比重。
提升硬性指标：在ESI、论文发表、科研经费等硬性指标上，厦门大学需要进一步提升，以增强其在综合排名中的竞争力。
优化专业设置：除了优势专业外，厦门大学可以进一步发展和推广其他专业，尤其是冷门但具有潜力的专业。
提升学校声誉：通过加强科研、教学和社会服务等方面的工作，提升学校的整体声誉和影响力。