杭州大学在合并前拥有多个院系，以下是一些主要的院系名称：

人文学院

社会科学学院

外国语学院

艺术学院

教育学院

理学院

工学院

医学院

生命科学学院

环境科学与资源学院

材料科学与工程学院

化学工程与生物工程学系

机械工程学院

电气工程学院

计算机学院

建筑工程学院

农业科学与生物技术学院

海洋学院

地球科学系

法学院

商学院

新闻传播学院

心理与行为科学系

这些院系在浙江大学合并后，成为浙江大学的一部分，继续在不同领域进行教学和研究活动。