南京医科大学在大多数地区被认定为 一本大学。根据2024年的录取数据，南京医科大学在江苏省的物理类本科批次最低录取分数线为569分，历史类为563分。此外，虽然南京医科大学在某些省份如北京、河北属于本科批，在安徽、江西等省份属于本科一批，但这些信息并不影响其在其他省份作为一本大学的招生地位。

综合以上信息，可以得出结论：南京医科大学在大多数情况下被视为一本大学。需要注意的是，教育部门并没有明确划分南京医科大学是一本还是二本，这种分类主要是民间的一种说法。