在军校指挥系，学员可以选择以下专业：

防空兵高炮指挥

通信指挥

雷达指挥

侦查与特种兵指挥

指挥自动化工程

战术导弹指挥与工程

炮兵指挥

防化兵指挥

装甲兵指挥

电子对抗指挥

工程兵指挥

实验指挥工程

汽车指挥

武警指挥

合同战术学

战略学

战术学

军队指挥学

军队政治工作学

此外，根据军校的专业分类，信息工程专业和通信工程专业在军校中也较为热门，这些专业培养掌握现代通信技术和军事信息系统的研究、设计、运行和管理能力的复合型人才，适应军队的现代化建设需求。

建议：

步兵专业：

虽然相对较苦较累，但在很多单位都属于对口专业，在分配上有很大的优势，且转向其他专业也相对容易。

热门专业：如战略学、战术学、军队指挥学等，这些专业在军校中具有较高的知名度和影响力，主要培养掌握现代军事理论和技能，具备指挥作战能力的中高级军官。

根据个人兴趣和职业规划选择合适的专业，可以更好地发挥个人优势和实现职业发展。