当学校食堂的农产品农药残留超标时，应采取以下步骤进行处理：
立即停止使用问题食材：
一旦发现农残超标，应立即停止使用这些食材，以防止学生摄入有毒物质。
通知相关监管部门：
将农残超标的情况报告给当地的市场监督管理局或其他相关部门，以便进行进一步的检测和调查。
进行自查和整改：
学校食堂应进行全面的自查，了解农残超标的原因，并采取相应的整改措施。这可能包括更换供应商、改进储存条件、加强员工培训等。
配合监管部门进行调查：
学校应积极配合监管部门的调查，提供必要的文件和记录，并按照监管部门的要求进行整改。
依法承担赔偿责任：
如果农残超标导致学生食物中毒或其他损害，学校食堂应依法承担相应的民事赔偿责任。
加强食品安全管理：
为防止类似事件再次发生，学校应加强食品安全管理，包括建立严格的进货查验制度、定期对食堂从业人员进行食品安全培训、定期对食堂进行安全卫生检查等。
建立应急处理机制：
学校应建立应急处理机制，包括制定应急预案、成立应急小组、定期进行应急演练等，以便在发生食品安全事件时能够迅速有效地应对。
公开透明地处理问题：
学校应向学生和家长公开农残超标事件的调查和处理情况，以增强信任并减少负面影响。
通过以上步骤，学校可以有效应对农残超标问题，保障学生的饮食安全。